A Presidência do TRF3 tem funções administrativas e jurisdicionais, definidas pelo Regimento Interno da Corte. Cabe à Presidência, por exemplo, a gestão administrativa e a sua representação perante outros órgãos, Poderes e autoridades.
Algumas competências são: dirigir os trabalhos do Tribunal; presidir as sessões plenárias e convocar sessões extraordinárias do Plenário; proferir voto de qualidade no Plenário; criar comissões permanentes ou temporárias, designando seus membros; assinar cartas rogatórias; e decidir os pedidos de suspensão da execução de medida liminar ou de sentença, em mandado de segurança.
Durante o recesso, compete ao Presidente decidir pedidos de liminar em mandado de segurança, podendo determinar liberdade provisória ou sustação de ordem de prisão, além de medidas urgentes de caráter jurisdicional ou administrativo, sujeitas estas ao referendo do órgão competente.
O Presidente do TRF3 integra, juntamente com os presidentes dos outros quatro TRFs e ministros do Superior Tribunal de Justiça (STJ), o Conselho da Justiça Federal (CJF), órgão responsável pela supervisão administrativa e orçamentária da Justiça Federal.

Biênio 2022-2024: Marisa Santos
Natural de São Paulo, a desembargadora Federal Marisa Ferreira dos Santos é bacharel em Direito pela Universidade de São Paulo (USP - 1978) e mestre em Direito Previdenciário pela Pontifícia Universidade Católica (PUC-SP - 2001). Foi procuradora do Estado de São Paulo (1984-1987). Magistrada desde 1988, foi promovida ao TRF3 em 2002 e ocupou, no biênio 2020-2022, o cargo de corregedora-regional da Justiça Federal da 3ª Região.
Marisa Santos é autora de seis livros, entre os quais “Direito Previdenciário Esquematizado” e coautora de “Juizados Especiais Cíveis e Criminais, Federais e Estaduais”.
Presidentes anteriores
Mairan Maia
(2020-2022)
Therezinha Cazerta
(2018-2020)
Cecília Marcondes
(2016-2018)
Fábio Prieto
(2014-2016)
Newton De Lucca
(2012-2014)
Roberto Haddad
(2010-2012)
Marli Ferreira
(2007-2010)
Diva Prestes Marcondes Malerbi
(2005-2007)
Anna Maria Pimentel
(2003-2005)
Márcio José de Moraes
(2001-2003)
José Kalás
(1999-2001)
Jorge Tadeo Flaquer Scartezzini
(1997-1999)
Sebastião de Oliveira Lima
(1995-1997)
Américo Lourenço Masset Lacombe
(1993-1995)
Homar Cais
(1991-1993)
Milton Luiz Pereira
(1989-1991)