- Comissão de Alienação, Cessão, Transferência e Reaproveitamento de Bens Móveis Inservíveis (CACTR)
- Comissão de Direitos Humanos (CDH-TRF3)
- Comissão de Enfrentamento ao Tráfico de Pessoas e Trabalho Escravo da Justiça Federal da 3.ª Região (CETRAPTE-JF3R)
- Comissão de Gestão das Ações de Direito da Saúde no âmbito da Justiça Federal da 3.ª Região (CGADS-3R)
- Comissão de Gestão de Memória da JF3R
- Comissão Gestora de Políticas de Equidade Racial e de Gênero do Tribunal Regional Federal da 3.ª Região (CPEG-3R)
- Comissão Local de Resposta a Incidentes (CLRI-TRF3)
- Comissão Local de Segurança da Informação (CLSI-TRF3)
- Comissão Organizadora e Examinadora de Concurso Público para Provimento de Cargos de Juiz Federal Substituto e Juíza Federal Substituta da 3.ª Região
- Comissão Permanente de Acessibilidade e Inclusão da 3.ª Região (CPAI3R)
- Comissão Permanente de Gestão Socioambiental (CGSA-3R)
- Comissão Permanente de Informática
- Comissão Permanente de Jurisprudência (JEF/TRs/TRU)
- Comissão Permanente de Jurisprudência do TRF3 (CPJ-TRF3)
- Comissão Permanente Multidisciplinar da 3.ª Região
- Comissão Permanente de Regimento Interno (CPRI-TRF3)
- Comissão de Prevenção e Enfrentamento do Assédio Moral, do Assédio Sexual e da Discriminação (CEAMA-TRF3)
- Comissão Regional de Aprimoramento de Gestão de Bens Aprendidos (CORAGEB)
- Comissão Regional de Soluções Fundiária
